Ottimizzare il workflow dell’analisi proteomica: un’importante opportunità per la ricerca in vitro

L’analisi proteomica rappresenta un’opportunità unica per studiare lo stato e la composizione proteica dei fenotipi cellulari in una cornice temporale definita. I laboratori di ricerca del Monzino hanno messo a punto un workflow ottimizzato per delineare il profilo proteomico di un numero limitato di cellule umane eterogenee in coltura. Il workflow prevede la fissazione delle cellule circolanti isolate da singolo soggetto e differenziate in vitro, la loro selezione mediante microdissezione laser-capture (LCM), – che consente di raccogliere gruppi di cellule morfologicamente e/o fenotipicamente definite, – l’estrazione e la digestione delle proteine cellulari e il processamento analitico.

Si tratta della prima analisi proteomica di cellule in coltura raccolte con LCM e analizzate con cromatografia liquida interfacciata con spettrometria di massa (LC-MS/MS), che può essere impiegata anche per studi dal disegno complesso, a prescindere dal numero dei gruppi di trattamento. Questo flusso di lavoro ottimizzato può fornire nuove opportunità nello studio della biologia e fisiopatologia qualora siano implicate cellule morfologicamente eterogenee, soprattutto quando altri approcci di selezione delle cellule non siano praticabili.

Fonte:
Brioschi M, Eligini S, Crisci M, Fiorelli S, Tremoli E, Colli S, Banfi C. A mass spectrometry-based workflow for the proteomic analysis of in vitro cultured cell subsets isolated by means of laser capture microdissection. Anal Bioanal Chem 2014. DOI 10.1007/s00216-014-7724-9.